تتميز محافظة الطفيلة بشجرة الزيتون المباركة والتي تنتشر بالقرب من ينابيع المياه الموجودة في المحافظة والتي تسهم في رفد الدخل الفردي لسكان المحافظة
كما وتنتشر في المحافظة غابات العرعر في المناطق الغربية الوعرة من المحافظة على امتداد الحدود الادارية الغربية للمحافظة, كما وتنتشر اشجار البلوط دائم الخضرة
والعرعر في محمية ضانا جنوب غرب المحافظة بشكل كبير وكثيف فيما سواها من المناطق بالاظافة الى عدة اشجار من الأرز وغابة قديمة من السرو.
هذا بالنسبة الى الغابات الطبيعية , اما الغابات الاصطناعية فقامت مديرية زراعة المحافظة بزراعة الاحراش في مختلف المناطق ولعل ابرزها : حرش عابل , حرش
العيص , حرش عيمة , حرش غرندل , غابة الشيخ , حرش عين البيضاء .
وتنتشر الشجيرات في معظم المناطق الجبلية من المحافظة وهذه الاشجار تقاوم قلة هطول الامطار من جهة وتذبذبها من جهة اخرى ومن الشجيرات المشهورة في هذه الجبال
الشيح, القيصوم , الجعدة , الصر , البلان وغيرها .